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大棚雙孢菇越冬期一般指當年冬至到翌年驚蟄這段時期。這段時期時間長、氣溫低，菌絲處于生長極緩慢或停止生長階段，有時雖有少量子實體產生，但生產上無多大意義，可視菌層干濕程度采用干越冬和濕越冬兩種方法管理。
干越冬是指在整個越冬期停止為雙孢菇噴水，使菇床通風干燥，待翌年春季再進行管理。
濕越冬是指秋菇生產結束后，床面停止噴水，菇棚通風10～15天，讓覆土層基本干燥。在菌床上面打孔，并松動覆土層，使菌層呈蜂窩狀。揀去殘根死菇，平整床面，補充覆土層的土壤，調水至覆土層潮濕為止。調水結束后蓋上新鮮草木灰，每平方米用2～2．25公斤。在晴天、無風天氣，應將菇棚南邊的窗戶打開2～3小時；在陰天、寒冷天氣，每2～3天開一次窗，時間可以短些，以保持菇棚空氣新鮮。待春節以后，每平方米床面用10公斤5％的澄清石灰水重調一次，然后按上述辦法通風換氣，直至進行春季管理為止。
以上兩種方法，有條件的話，還是采用濕越冬這種管理方法好。
